Berdirinya pondok pesantren Al-Amanah dilatarbekangi oleh sebuah perjuangan yang ingin dicapai oleh generasi generasi Islam yang kritis dalam menangani kemunduran dalam bidang sosial, pendidikan, budaya dan ekonomi bahkan moral dan agama yang hampir mendekati pintu keberhasilan. Pondok pesantren Al-Amanah merupakan lembaga pendidikan nonformal yang di pimpin dan di asuh oleh K.H. Ahmad Anas yang melanjutkan perjuangan orang tua beliau yang sekaligus pendiri pertama pondok pesantren Al-Amanah seorang sosok yang penuh semangat dan mempunyai kreatifitas tinggi serta berwawasan luas dalam melihat perkembangan dan persaingan hidup masa depan, yakni Almaghfurlah K.H. Hamdan Rofi`i.
Pondok pesantren Al-Amanah didirikan oleh Almaghfurlah K.H. Hamdan Rofi`i bin Kyai Abdul Muhit bin Suratman. K.H. Hamdan Rofi`i adalah seorang yang Al-Arif billah , artinya seorang waliyulloh yang mempunyai banyak keramat dan termasuk sesepuh di daerah Demak Kota Wali. Beliau seorang figur yang sederhana dan juga ramah. Berbekal ilmu pengetahuan agama yang diperolehnya dari ayahanda beliau K.H. Abdul Muhith, almarhum K.H. Hamdan Rofi`i belajar Al-Qur`an dan dasar-dasar ilmu bahasa arab. Kemudian beliau melanjutkan ke pondok pesantren Bustanut Tholibin Kembangan Demak selama 4 tahun yang di pimpin oleh K.H. A. Badawi yang masih saudara dari ibu beliau nyai H. Amanah, setelah itu melanjutkan belajar ke lasem di Pondok Pesantren Al-Hidayah yang diasuh K.H. Ma`shoem, ketika di lasem beliau juga mengaji dengan masyayih lasem antara lain K.H. Baidhowi, Syekh Masduqi dan K.H. Manshur bin K.H. Kholil. Setelah selesai beliau melanjutkan belajar di Kudus untuk mendalami Al-Qur`an kepada K.H. Arwani dan K.H. Wahab (badal K.H. Arwani) dengan menghatamkan Al-Qur`an bil Ghoib 30 Juz hanya dengan waktu 6 bulan. Pada tahun 1950 beliau melaksanakan ibadah haji dan selama di sana, beliau tabarrukan kepada masyayeh haram antara lain Syeh Asmuni, Sayyid Alawi dan Syeh Hasan Massyath. Kecintaan beliau terhadap ilmu sangatlah luar biasa, terbukti beberapa buku yang ditulis diantaranya : Al-Mandzumah al Unsiyah fi Ilmi Nahwi, Al-mandzumah al Haidariyah dan `Risalah fi Ahkamil waqfi wal Ibtida`.
Setelah beliau merasa cukup dalam mencari ilmu dan berbagai pengalaman telah didapatkan beliau memutuskan untuk kembali ke daerah asalnya. Berbagai lapisan masyarakat berdatangan untuk menimba ilmu kepada beliau. Dan pada akhirnya beliau bersedia untuk mengajar Al-Qur`an dan beberapa kitab salaf di masjid dekat beliau tinggal. Atas ijin Allah Swt dan ikhtiar beliau, pada akhirnya terdapat masyarakat yang menitipkan putra untuk menimba ilmu di pesantren beliau. Setelah berjalanya waktu beliau mengajar di masjid, banyak masyarakat dari berbagai daerah menitipkan putra putrinya untuk menimba ilmu. Adanya kondisi seperti ini beliau berencana untuk mendirikan pondok pesantren berbasif salafiyah. Dengan berdirinya pesantren diharapkan dapat menampung santri, selain itu akan lebih efektif untuk membimbing santri ke jalan yang benar. Al hasil bangunan pondok pesantren dapat berdiri dengan nam `Pondok Pesantren Al-Amanah` agar terdapat keselarasan antara nama dengan yang dinamai. Pondok pesantren ini berdiri kurang lebih pada tahun 1959 M. Dalam rentang masa berjalan, pondok pesantren Al Amanah telah menunjukan kiprah dan peran yang luar biasa, berawal dari sebuah surau kecil kini telah berkembang menjadi sebuah pondok pesantren representatif dan tetap eksis dengan kajian Al-Qur`an serta kitab salafnya.
Pengasuh pondok pesantren Al-Amanah saat ini, K.H. Ahmad Anas serupa dengan orang tua beliau mengawali belajar agama dari orang tua beliau kemudian melanjutkan di Pondok Pesantren Bustanut Tholibin Kembangan Demak lalu ke Lasem, Cilacap dan Pabelan. Di jalur pendidikan formal belilau merupakan lulusan Pascasarjana IAIN Walisongo. Dari bekal ilmu agama dan ilmu pengetahuan yang beliau dapat, beliau merasa terpanggil untuk mengembangkan sebuah pondok Pesantren yang dapat mendidik dan mengajarkan santrisantrinya menjadi insan yang mandiri pada semua aspek kehidupan.